Az egyetem központi hivatalai – a Rektori Hivatal és a Gazdasági Főigazgatóság –, illetve az egyetemet fenntartó Sapientia Alapítvány Kolozsváron működnek.

Az oktatási tevékenység szervezeti egységei a karok. Jelenleg az egyes karokon a következő szakok működnek:

A Sapientia Erdélyi Magyar Tudományegyetem minden kara saját kari könyvtárral, olvasóteremmel és internet-hozzáféréssel rendelkezik. A könyvtárállomány folyamatosan bővül új szakirodalommal, folyóiratokkal. A könyvtárban található könyv- és folyóirat-állományon kívül a Sapientia hálózatához csatlakozott minden számítógépről elérhető az Elektronikus Információ Szolgáltatás (www.eisz.hu), amelynek keretében a magyar Oktatási és Kulturális Minisztérium hozzáférést biztosít elektronikus információforrásokhoz, elektronikus folyóiratokhoz (EBSCO) a felsőoktatási intézmények számára.

A Sapientia EMTE mindhárom helyszínén működik a Hallgatói Önkormányzat (HÖK), amelynek alanyi jogon tagja minden, az egyetemre beiratkozott diák. A HÖK elsődleges célja a diákok érdekképviselete. A diákokat érintő kérdésekben az egyetem vezetősége és a diákképviselők közösen döntenek. A HÖK feladatai közé tartozik a diákélet megszervezése, különböző rendezvények, például gólyatábor és -bál, diáknapok, bulik, kosárlabda- és focimérkőzések, filmklub, táncház, társasági tánc, kézműves műhelyek, színjátszó kör, fiatal költők estje, Tudományos Diákköri Konferencia, tanulmányi körök stb. szervezése, diáklapok, diákrádió működtetése.

A HÖK szolgáltatói tevékenységet is folytat. Információs irodát működtet, ahol a diákok tanácsot kérhetnek a különböző egyetemi problémákkal kapcsolatosan. Lehetőséget teremt a tájékozódáshoz a külföldi ösztöndíjakról és tanfolyamokról, diákmunkát közvetít, albérletkeresésben nyújt segítséget, diákújságot működtet.

A HÖK-öt pénzügyileg az egyetem támogatja, de ezen kívül egyéb forrásokból is (pályázatok stb.) gazdálkodhat.

Bentlakással jelenleg a kolozsvári kar és a csíkszeredai karok rendelkeznek.

Csíkszeredában a Campus épületében kapott helyet a bentlakás is, itt három- és négyágyas szobákban, összesen 370 kollégiumi hely áll a diákok rendelkezésére.

A kolozsvári kar bentlakása 30 férőhelyet kínál a diákoknak. A marosvásárhelyi kollégium épületének tervezése folyamatban van.

A Sapientia EMTE-n tanuló hallgatók három típusú ösztöndíjra lehetnek jogosultak. A tanulmányi eredmények függvényében tanulmányi, illetve érdemösztöndíjban részesülhetnek, a szociálisan hátrányos helyzetű diákok pedig szociális ösztöndíjat pályázhatnak meg. A kiemelkedő eredményeket elért hallgatók különböző felajánlásokból származó plusz ösztöndíjakat is elnyerhetnek (Ferber-ösztöndíj, OTP-ösztöndíj, Evoline-ösztöndíj, Richter Gedeon-ösztöndíj stb.).

A Sapientia EMTE tandíjmentes és költségtérítéses helyeket hirdet meg.

A legtöbb szakon a tandíjmentes helyek a meghirdetett helyek felét képezik, esetenként ennél kevesebbet. A tandíjmentességet élvező hallgatók névsorát a felvételi rangsor alapján állapítják meg. Ez a besorolás azonban csak az I. tanévre vonatkozik, a II. tanévtől kezdődően az előző évi tanulmányi eredmények alapján újrarangsorolják a hallgatókat.

Költségtérítéses helyekre azok a jelentkezők nyerhetnek felvételt, akik az utolsó tandíjmentes helyre felvett jelentkező átlagával egyenlő vagy annál kisebb átlagot értek el, és akik a beiratkozási kérelemben jelezték, hogy igénylik a költségtérítéses helyet. A II. tanévtől kezdődően az előző évi tanulmányi eredmények alapján újrarangsorolják a hallgatókat, így át lehet kerülni költségtérítéses helyről tandíjmentesre (és fordítva). A költségtérítés összege szakonként változik: a 2010/2011-es tanévben 250-750 EUR/év között mozog.

A szakmai együttműködési kapcsolatrendszer kiépítése lehetőséget biztosít az egyetemen folyó oktatás és tudományos kutatás fejlesztésére, vendégtanár- és diákcsereprogramok lebonyolítására a társintézmények keretén belül. Az egyetem vezetősége a következő külföldi oktatási intézményekkel írt alá együttműködési szerződést: Debreceni Egyetem, Budapesti Corvinus Egyetem, Pécsi Tudományegyetem, Eötvös Loránd Tudományegyetem, Pázmány Péter Katolikus Egyetem, Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem, Nyugat-magyarországi Egyetem, Selye János Egyetem (Szlovákia), Old Dominion University (AEÁ), Università degli Studi della Tuscia (Olaszország), Simon Fraser University (Kanada), Eszterházy Károly Főiskola, Kecskeméti Főiskola, Nyíregyházi Főiskola, Szolnoki Főiskola.