A Csíkszeredai Egyetemi Lelkészség 2001-ben alakult, amikor létrejött a Sapientia Erdélyi Magyar Tudomány Egyetem Csíkszeredában és a Gyulafehérvári Főegyházmegyei Hatóság kinevezett egy lelkészt erre a tevékenységre. 2003 őszén egy jezsuita szerzetest hívtak meg, hogy egyetemi lelkész legyen. 2004-ben a lelkészség hivatalosan is be lett bejegyezve, mint jogi személy, az érsekség alegységeként.

Az első évben heti két rendszeres programmal és néhány ünnepi alkalom megszervezésével indult a lelkészség tevékenysége, de idővel, a növekvő igényeknek megfelelően, kibővült a programok skálája: nem csak szentmisékre és heti egyszeri előadásokra, hanem kézműves foglalkozásokra, kirándulásokra, más egyetemi lelkészségek által szervezett rendezvényeken való részvételre is sor került.